Rok po založení liehovaru Lagavulin v roku 1816 bol na rovnakom mieste vybudovaný ďalší liehovar, Kidalton. V roku 1837, po prevzatí Lagavulinu Donaldom Johnstonom, oba liehovary spojili svoje aktivity. Po smrti Donalda Johnstona liehovar prevzal John C. Graham, Walter Graham a James Mackie. V roku 1878 ich doplnil Peter Jeffrey Mackie, ktorý je okrem iného otcom známej miešanej whisky White Horse. Táto značka je doteraz  miešaná i z Lagavulinu. V roku 1908 majitelia liehovaru rozhodli vybudovať nový liehovar, Malt Mill, aby tak mohli lepšie konkurovať susednému liehovaru Laphroaig. V roku 1927 ich majiteľ Lagavulinu, spoločnosť White Horse Distillers, kupená firmou D.C.L. (neskôr S.M.D., teraz súčasť U.D.V – United Distillers and Vintners – Diageo). Lagavulin whisky je od roku 1988 súčasťou kolekcie Classic Malts.